EM菌是由日本农业科学家出口治明于年首次提出，是一种由益生菌、光合细菌、乳酸菌等多种菌类构成的活菌剂，具有重要的生态意义和经济价值。EM菌是由多种细菌混合培养而成，具有优良的协同性和互补性，可协同调节环境微生物菌群的结构和数量，发挥生态调节、净化及改良土壤、水体、室内生态环境等多种作用。
污水处理EM菌可通过调节水体pH值、氧化还原电位、溶解氧等环境条件，实现水体中污染物的有机降解和氨氮去除，同时有效地降低水体中的臭味和浮游藻的生长。EM菌的应用可以减少化学药剂的使用，降低水处理成本，同时产生的沉淀物可以作为肥料进行资源化利用。
废水深度处理针对高浓度废水的处理，EM菌与活性污泥一起进行混合曝气、生物滤池等处理方法，可以达到更好的处理效果。研究表明，EM菌在处理工业废水、垃圾渗滤液等高浓度水体时具有很好的处理效果，适用广泛。
饮用水处理EM菌成分复杂，含有大量活性有益微生物，同时含有多种氨基酸、矿物质等营养物质。经过一定处理后，可作为饮用水使用。EM菌具有不污染、无残留、不产生二次污染等特点，值得推广应用。
水体保护EM菌在水体保护方面的应用比较广泛，可在对水体环境进行保护和修复、河道维护和生态农业等方面发挥积极作用。EM菌和离子水等水体治理工具的配合使用，可有效地进行水体的净化和生物多样性保护。
增加植物性浮游生物发酵分解进行的话，淤泥会产生氨基酸和糖类。其中一部分溶解在水中，在光线照射的地方，这些养分会使浮游植物增加。
通过浮游植物的光合作用活动，氧气的量增加，需要氧的氧化分解菌的活动变得活跃，促进了淤泥的分解。在EM菌的周围，动植物浮游生物增加，淤泥变成有机物和微生物混合状态的有机堆积物，不再是有害的淤泥。
EM菌在应用于水处理技术时还应注意以下问题1、EM菌是水溶性液体，单独处理污水时缺乏载体，使得其对氮、磷的去除率不高，出水难以达到排放标准，并且还容易造成菌体流失，因此将EM菌进行固定化或固着在填料上。
2、将EM菌引入高效生物反应器，使EM菌群吸附在生物絮凝体表面，与高效生物反应器中的微生物形成紧密的共生关系和互生关系，在反应的不同阶段出现不同的优势微生物种群，为反应器稳定高效运行提供有力的微生物环境。