EM中含有的乳酸菌、酵母、光合细菌等发酵类微生物具有使有机物发酵的能力。用EM发酵分解的堆肥容易分解吸收，而且含有很多有用的成分，所以会促进植物的生长。在水环境中，使淤泥发酵，转化为其他微生物和原生动物容易食用的形式。
EM除了多种微生物外，还含有多种微生物产生的代谢物，它们能活化土壤中存在的微生物，使微生物种类多样化。微生物构成生态金字塔的底部，但是土壤中的微生物多样化的话，原生动物，甚至蚯蚓增加等，土壤中的生态系统就会变得丰富，结果形成丰富的土壤。
EM在土中的作用
土壤中存在着很多微生物。据说1g土壤中存在1亿10亿微生物。微生物使有机物的分解养分循环，是土壤中生态系统的基础。
但是，如果土壤中的微生物变少，失去平衡，蚯蚓等其他生物就会减少，土壤就会变得贫瘠。
EM通过EM中含有的多种微生物和EM产生的代谢物，土壤中的微生物数量增加，微生物种类多样化。这样微生物被活化后，就会形成原生动物、更大的蚯蚓增加等土壤中的生态系统。
在微生物相多样化的土壤中，只有特定的病原菌的增殖被抑制，从而抑制连作障碍。
EM中含有的乳酸菌、酵母、光合细菌等具有使有机物发酵的能力、不会使物体腐败的能力。因此，例如，在堆肥制作中，腐败菌得到抑制，通过EM的发酵作用，可以比通常更少地进行翻动，制造堆肥。利用EM的堆肥比通常含有更丰富的氨基酸和多糖类。EM在蛋白质分解时抑制氨的产生，通过发酵作用从蛋白质中产生氨基酸，这些氨基酸直接被植物吸收。另外，纤维素等通常也会被氧化分解，其中大部分分解成二氧化碳，但通过EM的发酵分解作用会产生低分子的多糖类，被微生物和植物吸收。一般来说，植物在体内由氮合成蛋白质，但直接从根吸收氨基酸，可以节约用于氨基酸蛋白质合成的能量，并能在果实中积累糖分。
有机农业和EM农业
土壤的肥沃化和生物多样性在一般的有机农业中也被认为也很重要，但要达成这一点需要高度的技术和漫长的年月。EM技术通过积极活用有用的微生物群，不仅可以简单地进行有机农业，还可以提高产量和质量。
应用于其他领域
促进生物多样性的EM技术也应用于畜牧、养殖和水质净化领域。在畜牧领域，可以通过改善畜舍的微生物环境、改善家畜的肠内环境来抑制恶臭。在养殖水质净化领域，通过丰富水系的生态系统，提高自净作用，改善水质。