细菌、真菌等不但广泛存在于自然环境中，且普遍寄居在健康人的消化道中。人类从出生后就生活在有菌环境中，因此，人体和外界相通的口腔、小肠下部、大肠等均有大量的各种细菌寄居。在正常情况下，这些菌群一般对宿主无害，有的甚至有益，称为正常菌群。正常菌群与宿主间经常维持相对平衡，而且菌群之间的关系也不是静止的，其组成及数量均处于不断变化的动态平衡之中。
口腔环境暖湿，虽然唾液有清除微生物的作用，但存在有丰富的食物残渣和脱落的粘膜上皮细胞，可作为细菌、真菌等生长繁殖的基质，况且唾液中的氨基酸、肽类、粘蛋白和葡萄糖也给微生物提供营养。口腔中各种表面结构均有利于细菌群集，因此，口腔内菌群的数量和种类很多。甲型链球菌中的轻型链球菌、变形链球菌和唾液链球菌普遍存在于口腔内。
食道与胃在进食时被细菌污染。除少数耐受酸性细菌外，大部分菌迅速被胃酸杀死。暂时在胃内存活的有乳杆菌、链球菌、葡萄球菌、双叉杆菌、费化菌、类杆菌、酵母菌和念珠菌等。
肠道内菌群生态不一，以回盲部为分界线，其近端与远端在菌种和菌数上显著不同。小肠上部（胃至回肠中部）的内容物存在少量革兰氏阳性菌，如甲型链球菌、葡萄球菌、乳酸杆菌和真菌。而大肠杆菌、类杆菌、费化菌、梭状杆菌和梭形芽胞杆菌则极少。正常人空肠内容物检查约50%无菌。
大肠存在有大量各种微生物。其中有常居于肠道的正常菌群，也有暂栖的过路菌。在一定时间内，结肠可存在数种不同种、型的菌群。以往认为粪便内以大肠杆菌为主，近来发现在正常粪便中99%以上是厌氧性细菌，需氧菌不到1%，活菌数中大肠杆菌不到0。1%，厌氧菌与需氧菌比例约：1。
正常菌群在人体肠道内生存和增殖，在正常情况下，给人体带来利益，防止外来细菌的侵袭。其意义和作用主要有如下几个方面：
1、维持组织器官的正常结构和功能：
虽然肠道菌群对宿主肠道形态结构上的影响各说不一，但多数学者认为它对宿主的营养、抗感染、抗休克、抗肝昏迷、抗肠绞窄阻塞及对放射的反应上都有一定作用。因此，可以认为肠道正常菌群是宿主内环境的重要组成部分。
2、自然菌膜：
各种正常菌群在宿主消化道皮肤和粘膜表面的特定部位粘附繁殖，形成自然菌膜，是一种非特异性的局部保护膜，能使机体免受病原菌的侵袭和聚集。
3、非特异性免疫作用：
实验证明无菌动物抗感染能力较低。无菌动物淋巴系统衰退、淋巴组织缩小、免疫活性细胞减少、淋巴结内生发中心萎缩以及血清中丙种球蛋白量降低。正常菌群能引起机体产生所谓“自然抗体”，以抑制致病菌的生长。故正常菌群在宿主抵抗感染上有定的作用，是非特异性免疫功能的一个部分。
4、合成维生素：
人肠道细菌能合成足够量的核*素、生物素、叶酸、维生素K等。在自然食物中，并不含有人类需要的维生素K，只能依靠肠道内细菌合成。长期用抗生素者常见维生素K缺乏，并伴有维生素及复合体缺乏。人体正常菌群也有可能合成泛酸与吡哆醇。维生素k有帮助凝血，防止出血的作用。
5、拮抗外袭菌群的作用：
正常菌群对外袭菌有强烈的拮抗作用，痢疾、伤寒和霍乱等肠道传染病都是由于这些病原菌突破了肠道正常菌群的拮抗所致，否则难以致病。婴幼儿腹泻、消化不良、肠炎和痢疾均与其肠道菌群紊乱有关。大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、乳酸杆菌和肠球菌均能拮抗志贺氏杆菌。动物实验表明：当肠道完全无菌时，从外界输入的病原菌能迅速增殖，但当肠道菌群正常时，病原菌的增殖速度明显减慢，在肠道内存活的病原菌数量仅为无菌动物0.01~1%。
6、正常菌群对宿主的新陈代谢的影响：
正常菌群影响宿主对糖、蛋白、脂肪和维生素的吸收。肠道内金*色葡萄球菌、粪链球菌和念珠菌及其无菌滤液均能干扰肠内糖的吸收。食物中胆固醇可被微生物转变为胆甾烷和粪烷从粪中排出。肠道细菌能降解含氮物质产生氨，提高血液中氨的水平。摄入多聚不饱和脂肪可使菌群发生改变，同时血清胆固醇减少，从胆酸形成粪烷及去氧胆酸盐也减少，故肠道菌群在人体营养及代谢上有一定作用。