肠道菌群，顾名思义就是寄居在肠道内的微生物，不仅是人类肠道中存在肠道菌群，大多数动物的肠道内都存在着肠道菌群，这些肠道微生物对宿主的食物消化、健康以及疾病免疫等都发挥着重要作用。
肠道中的微生物
肠道中到底有多少微生物呢？这个在过去是无从知晓的，但随着生命科学相关技术的不断发展完善，尤其是测序技术的飞快发展，人们已经对许多动物，包括人类的肠道菌群进行了广泛研究，渐渐揭开了肠道微生物的面纱。关于肠道菌群的构成、数量，肠道菌群如何进入人体、如何辅助消化、如何影响肠道发育，以及肠道菌群失衡如何影响宿主健康等方面，都取得了较大进展。
以人体为例，人体的肠道菌群细胞数量约为百万亿的量级，而一个成年人的细胞数量大约是数十万亿的量级，远多于构成人体的细胞数量。肠道菌群中的微生物组成也非常丰富，包含至种不同的细菌，基因总数是人类的多倍。
肠道菌群虽然构成复杂，种类繁多，但大体划分为三种类型：共生菌群，主要有拟杆菌、梭菌、双歧杆菌、乳酸杆菌，约占肠道菌群的99%以上，这些微生物多是人体益生菌；条件致病菌群，主要有肠球菌、肠杆菌等，肠道健康时，共生菌群占压倒性优势，条件致病菌群就很安分，但共生菌群被破坏时，这些家伙就会引发多种肠道疾病；致病菌群，如沙门氏菌、致病大肠杆菌等，通常经过误食进入肠道，导致腹泻、食物中毒等。
肠道微生物如何进到我们肠道
肠道中的微生物自然不是与生俱来的。胎儿在子宫里是处于无菌状态的，但胎儿出生后，伴随第一口呼吸、第一口乳液、第一嘴辅食，肠道菌群的始祖们，也随着食物、空气、水进入肠道并安营扎寨，不断壮大队伍，扩充地盘，最终形成稳定的菌群构成，从此将伴随我们一生。
肠道菌群对人类的影响
在很长一段时间内，肠道菌群与我们形成了一定的共生关系，它们与我们的身体健康息息相关。一方面，肠道微生物能够分泌丰富的纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶等多种消化酶类，帮助我们进行食物消化，否则单单依靠肠道的消化作用，根本不可能消化分解我们吃进去的食物，而肠道微生物对于食物消化发挥着重要作用。
同时，肠道微生物也在保护着我们的健康。大量的菌群黏附在肠壁上，为肠道穿上了一层天然的铠甲，避免肠壁与有害物质直接接触。共生菌群会与肠道的免疫系统形成互动，刺激后者的发育，使肠道应对致病微生物的“反导系统”更加强大。此外，共生菌群还会直接上阵，帮助消灭致病菌。
肠道菌群的保护
科学研究表明，肥胖症、糖尿病等高发疾病，都与肠道菌群失调密不可分。保护肠道菌群，务必做到下面几点：
平衡膳食：多吃蔬菜，不可长期大鱼大肉。
规律作息：形成良好的作息习惯，不可长期熬夜。
适度进补：适当进食一些富含益生菌的发酵食物。
切勿滥用抗生素！特别是广谱抗生素。
介于肠道菌群的重要功能，肠道微生物的研究近年来也成为微生物学、医学、基因组学等领域最引人