在选择益生菌的时候，我们要做的第一件事是读产品标签，上面应该提示益生菌或微生物在分类上的属、种、菌株，以及制造时的菌落形成单位，请注意大半益生菌会死于高热，弄清楚该公司有无适当的储藏及冷却程序于是相当重要。此外，购买益生菌还要考虑以下4点：
益生菌
1.菌种是否符合国家规定
以下菌种是前卫生部及后来卫计委组织专家评审，经过安全性评估，确定的可食用菌种，不需要怀疑这些菌种有什么效果，吃了会不会有不好的作用。国家爸爸这方面还是非常谨慎的。
因为国家卫计委明确要求，添加的益生菌要精确到菌株号，而不是菌种。
菌株号对益生菌意味着什么呢？菌株名就像是我们的姓名，两个不同的人也可以同名同姓。菌株号就像是我们的身份证号，每个人都是唯一的。
可用于食品中的益生菌
2、菌落形成单位数
菌落形成单位（CFU）的数量可以告诉你每剂能获得多少益生菌，选择益生菌的时候应该选菌落形成单位数较高（高于亿CFU）的品牌，但是也不要选择过高的CFU（比如亿），因为更高的CFU并不总是更好，它可能会导致负面作用，甚至会阻碍其它有益细菌的生长。
3、菌株多样性
找菌株种类丰富的品牌也就是复合益生菌，此外，还应尽量选择经过大量研究的菌株，常见的益生菌比如乳酸杆菌、双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌和布拉氏酵母菌。
4.是否含有益生元
低聚葡萄糖、低聚果糖、低聚半乳糖以及抗性糊精，俗称“益生元”，他们是益生菌的“专属食物”，可以刺激益生菌的生长，同时又不会被肠胃代谢，不产生热量还可以到达大肠定植，因此，选择益生菌+益生元这种王炸组合，直接满分！
益生元
注意事项
1.请注意不同益生菌制剂储存条件不同（详见说明书）。另外由于益生菌是活菌，储存期间易死亡，建议尽量使用出厂时间较近的产品。2.药物间的相互作用：①请不要与抗生素一起服用：抗生素是用来杀灭细菌的，与益生菌一起使用可能会把活的益生菌杀死，因此服用时最好间隔2～3小时以上。布拉氏酵母菌、酪酸菌和芽孢杆菌对抗生素不敏感，可同服。②药用炭和蒙脱石散能吸附益生菌，削弱药物疗效。因此，如需联用，最好间隔2～3小时以上。3.有部分益生菌辅料中含有牛奶成分，对牛奶过敏的人请慎用。4.益生菌是安全性很高的一类药物，罕见的不良
益生菌
1.温水冲调：水温不要超过40℃，请不要用沸水冲泡，那样会“烫死”益生菌！冲调后也不适宜再加热。高温环境中的益生菌，活性降至零点，只剩下一堆菌的“尸体”。2.益生菌多数研究推荐与食物同服，但食物不能过热，煮熟的燕麦片加牛奶保护效果最佳，布拉氏酵母菌基本不受食物的影响。饭后服用因胃酸浓度降低，更有利于让活菌顺利到达肠道发挥作用。3.益生菌冲泡后请您在半个小时内服用，如果时间放久，益生菌会死亡，这样削弱治疗效果。