营养及代谢作用
代谢消化不良的食物残渣和发酵上皮细胞产生的内源性黏液；而且肠道有益菌参与多种维生素代谢，产生B族维生素。
例如双歧杆菌：双歧杆菌在肠道内发酵后可以产生乳酸和乙酸，提高钙、磷和铁的利用率；促进维生素D的吸收；产生B1、B6等多种维生素供人体所需；抑制某些维生素分解菌，保障维生素供应；具有磷蛋白磷酸酶活性，分解α-酪蛋白，促进蛋白质吸收，提高氮蓄积率。
对肠道菌群的保护
利用菌群具有的定植性、排他性和繁殖性，避免宿主被潜在的致病微生物所定植。
对肠粘膜免疫功能的调控作用：刺激特异性免疫球蛋白sIgA的产生，sgA是肠黏膜细胞内分泌量最多的免疫球蛋白；当肠上皮细胞释放到肠腔内的sgA和肠粘膜表面的正常菌群混合存在时，可以降低致病菌在黏膜表面的附着，中和细菌毒素并使其凝集，从而限制肠道致病菌的繁殖，以维持肠道菌群的平衡。
对肠粘膜屏障功能的调控作用
机械屏障：机械屏障由肠上皮细胞、细胞间紧密连接蛋白与菌膜三者构成。①通过肠上皮细胞间紧密连接蛋白进行调控；②有益菌对病原菌的定植阻抗作用；③通过肠道菌群抑制肠上皮细胞的凋亡；④通过酵解作用产生的短链脂肪酸间接促进肠粘膜的修复和生长。
免疫屏障：免疫屏障由免疫球蛋白与免疫活性细胞、细胞因子等共同组成。①一方面作为抗原对肠粘膜存在潜在的危害；②另一方面，场内寄生菌可为胃肠黏膜细胞提供某些营养成分，维持肠道菌群平衡，激活肠道免疫系统；③乳糖促进乳酸杆菌的大量增值，显著减少和抑制沙门氏菌在肠上皮细胞的定植；④对生物屏障产生保护作用：菌群与肠黏膜上皮细胞结合产生的抗菌肽和黏蛋白具有非特异性或先天防御功能一黏蛋白捕获病原菌，黏液层中糖蛋白包裹细菌和识别细菌。
生物屏障：生物屏障有肠道菌群和肠上皮细胞结合产生的黏蛋白、活性肽等共同组成。