益生元指的是不被宿主消化吸收却能够选择性地促进体内有益菌的代谢和增殖，从而改善宿主健康的有机物质。
益生元属性由于益生元不能被人体分解、吸收和利用，通过消化道到达结肠后，有的能被结肠群分解和利用，而促进结肠菌群的生长，在改善肠道微生态、促进脂质、蛋白质与矿物类代谢方面具有重要意义。
益生元括有功能性低聚糖类（如低聚果糖、低聚木糖、低聚半乳糖、低聚异麦芽糖等）、多糖类（如螺旋藻、节旋藻等）、一些天然植物（如蔬菜、中草药、野生植物等）的提取物、蛋白质水解物、多元醇等。
益生元的功能原理
以果寡糖为例，动物体内分泌的α-淀粉酶、蔗寡酶、麦芽糖酶不能水解以β-1，2-糖苷键相连的果寡糖，因此果寡糖大都能顺利通过胃和小肠而不被降解利用，但大肠中的乳酸杆菌，双岐杆菌，梭状芽孢杆菌可产生一系列果糖苷酶，使这些有益菌得到养分而增殖。而有害菌不能分泌此酶，同时有益菌增殖后，会通过各种途径抑制有害菌，从而使肠道微生态系统调整到正常状态。
适当的补充益生元，还能起到加快体内代谢和菌类增值，对于胃肠道内菌群失调引起的腹部肿胀和便秘都有很好的作用。