乳酸菌饮料并不等同酸奶或酸奶，即便含有乳酸菌，但通常也含有过量的添加糖，喝多反而有害健康。最初由日本京都大学医学部的微生物学教授代田稔，于年成功培养出有益人体肠道健康的乳酸菌，其后以其名字命名为「代田菌」（学名：LactobacilluscaseistrainShirota），并于年开始生产及销售养乐多系列产品。
嗜酸乳杆菌（L.acidophilus）是乳杆菌属中最重要，且常见的益生菌株，存在人体肠道和口腔中，很容易寄居于小肠壁上，能够加强产生醣消化酶菌的生长，有助于小肠消化和吸收来自乳类食品的营养成分。存在酸奶（或称优格）等其他发酵食物中的为不同的菌株，可能有助于改善腹泻，也可能有助于改善不能消化牛奶乳糖的「乳糖不耐症」。
乳酸菌饮料并不同于直接使用牛乳发酵得到的酸奶，乳酸菌饮料的乳含量较低，营养成分上远低于酸奶，并且加入大量的糖。这类乳酸菌饮料添加的菌种仅有乳酸杆菌，但维持肠道健康的菌生态需要至少四种以上的益生菌，而且乳酸活菌进入肠道后有很大的机率会被胃酸和胆盐杀死，无益于肠道益菌生态。事实上，乳酸菌饮料只是发酵过的高浓度糖水奶粉饮料。
乳酸菌饮料的钙含量仅是牛奶所含的1/2一到1/4，蛋白质则以乳清蛋白为主。其所含的糖分很高，甚至高于可乐等含糖饮料。有不少人每天饮用乳酸菌饮料的量远远超过一瓶，甚至是4～5瓶，想藉由喝乳酸菌饮料帮助消化或健胃整肠，并非长久明智之举，以下介绍正确的方法：
帮助消化：根本之道应该是多摄取含蛋白质分解酵素的水果，例如菠萝、木瓜、和猕猴桃。
整肠健胃：必须增加来自各种蔬菜、水果、全谷类的膳食纤维摄取量。乳酸菌饮料即使含有乳酸菌，但通常添加过量的糖，糖分摄取过多对健康有害，会增加代谢症候群、第二型糖尿病、心脏血管疾病的风险。若是想藉由喝乳酸饮料摄取乳酸菌或增加钙的摄取量，建议选择无糖低脂或无脂的酸奶。