脂肪肝合并糖尿病时，应分析其内在联系，并判断影响患者疾病转归的主要因素是糖尿病还是肝病。2型糖尿病患者一般首先服用口服降糖药控制血糖。由于这些药物大多在肝脏代谢，因此在治疗过程中应定期进行肝功能监测，以免发生药物性肝损害。
二甲双胍
二甲双胍是理想的胰岛素增敏剂，对于大部分患者适用。因二甲双胍有轻度减肥作用，故合并肥胖的患者首选二甲双胍控制血糖。二甲双胍还可以减少肝癌的发生率。对于重度肝损伤患者，因为考虑二甲双胍增加乳酸酸中毒风险，不推荐使用。
糖苷酶抑制剂（阿卡波糖）
阿卡波糖直接作用于胃肠道，抑制餐后高血糖。在代偿期肝硬化患者中，阿卡波糖联合胰岛素治疗可有效降低空腹及餐后血糖。在合并肝性脑病的患者中，阿卡波糖的运用能有效降低空腹、餐后血糖及糖化血红蛋白，同时，血氨水平也有所下降。可能的机制是此类药物促进肠蠕动，而肠蠕动的增加可促使分解糖的细菌增殖，抑制分解蛋白的细菌增殖，从而使血氨降低。
GLP-1受体激动剂（艾塞那肽、利拉鲁肽)
艾塞那肽经肾脏清除，在此类患者中可以使用。利拉鲁肽在糖尿病合并脂肪肝患者中的应用颇具前景，可有效改善血糖、肝脏的炎性反应及纤维化。
DDP-4抑制剂（西格列汀，维格列汀）
西格列汀、维格列汀仅少量在肝脏代谢，绝大多数以原型从肾脏排出，应用安全有效。利格列汀经胃肠道代谢，在重症肝病患者中应用安全，不需要调整剂量。研究证实，维格列汀和阿格列汀可以减轻肝脏脂肪沉积，西格列汀尚无一致性结论。这两类药物在降低血糖的同时，可抑制肝脏脂肪合成，可能有助于脂肪肝的改善，但确切效果有待进一步研究证实。
SGLT-2抑制剂
是一类新型降糖药物。动物实验证实此类药物能够改善非酒精性脂肪肝患者的肝脏组织学异常。人群中的研究也显示此类药物能够降低患者的转氨酶水平，是非酒精性脂肪肝治疗方面又一极具前景的药物。
格列奈类和磺脲类
这两类降糖药对肝病患者安全、有效，但对肝源性糖尿病效果有限，还可能导致低血糖及酒精性肝病患者胰岛B细胞功能衰竭等并发症，所以需谨慎使用。
噻唑烷二酮类（吡格列酮）
噻唑烷二酮类药物也被列为一线治疗，可有效降低转氨酶及改善肝脏的组织学改变。欧洲指南推荐吡格列酮用于此类患者的治疗，但不适宜合并活动性肝病或血清丙氨酸转氨酶（ALT）高于正常值上限3倍以上的糖尿病患者。
胰岛素
口服降糖药无效者可考虑使用胰岛素控制血糖。
各类降糖药均有利弊，不能为减少看病次数而不定期复诊，自行长时间服用某种药。联合用药方案也须因人而异，因病情和病程而异。一些糖尿病患者有间断用药或擅自停药的情况。间断用药和随意停药可导致患者血糖波动或骤然升高，同时会加重肝脏损伤。调查显示，糖尿病患者血糖得到控制后，轻度的肝功能损害可在短期内恢复正常。因此，糖尿病患者一定要在医生的指导下规律用药。