益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切功效改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称，其广泛应用于生物工程、工农业、食品安全以及生命健康领域。
益生菌根据菌株的来源和作用机制，可分为原籍菌制剂、共生菌制剂和真菌制剂。其中原籍菌制剂所使用的菌株是来自与人体内肠道菌群的菌，比如双歧杆菌、嗜乳酸杆菌等，可直接补充体内缺少的有益菌，发挥有益作用，包括促进营养物质的吸收，促进肠道蠕动，产生重要的营养物质等，通过改善肠道菌群状态，释放有益有机酸来提高胃肠道对病原菌的抵抗能力。
共生菌制剂所使用的菌株来自于人体肠道外，可与原籍菌共生作用，促进原籍菌的生长繁殖，或可直接发挥作用，比如枯草芽孢杆菌。
真菌制剂多是酵母菌，可改善胃肠道环境和菌种结构，促进有益菌的繁殖和活力保持，提高胃肠道对营养物质的吸收和利用等，还可以抑制病原微生物繁殖，比如布拉酵母菌。