肠道，是人体的消化器官。肠道菌群，顾名思义，就是居住在人体肠道中的微生物群落，也就是大家常说的细菌。在人体肠道内寄生着多种约万亿细菌，是人体细胞数量的10倍，基因数更是人类自身基因数的倍，被誉为“人体的第二基因组”。
人与肠道菌群是互惠共生关系，长时间以来，达成了合作共识。人体肠道为肠道菌群提供生活繁衍的栖息地，它们依赖宿主存活；同样的，作为回报，肠道菌群对宿主自身的消化吸收、代谢、免疫等方面都起到极其重要的作用，时刻维护着宿主的健康。
1、消化吸收。肠道菌群可以帮助人体消化一些如膳食纤维等人体无法消化的食物，来转化为对人体有益的元素。
2、参与代谢。肠道菌群可以参与人体的重要代谢过程，影响着多种物质的代谢与转化。比如，肠道菌群可以把不溶性蛋白质转化为可溶性物质，参与着糖类、蛋白质、胆汁以及胆固醇等的代谢。
3、免疫系统。肠道菌群及其代谢产物是人体免疫调节的重要组成部分，肠道菌群通过产生具有免疫调节和抗炎功能的分子来调节免疫系统，肠道早期免疫发育高度依赖肠道菌群，对宿主免疫系统的发育和成熟起到了至关重要的作用。
4、屏障保护。肠道菌群在人体肠道黏附、定植和繁殖，参与肠道黏液层的构建，形成重要的生物屏障，维护肠道生态平衡，抵御外来致病菌的侵害。
5、合成营养。肠道菌群能合成多种人体必需的维生素，如一些维生素B、维生素K、泛酸、叶酸等，对人体健康有着重要作用。
6、影响脑功能和行为。肠道菌群能通过肠-脑轴调控宿主行为，越来越多的证据表明神经系统的发育依赖于肠道菌群及其代谢活性。
肠道菌群并不是与生俱来的，而是从妈妈的产道中、乳汁中、生活环境中获得，并进入肠道，在此安营扎寨，不断壮大队伍。大约在三岁左右，最终形成与成人相似、稳定的菌群构成。又随着年龄的增长，肠道菌群的多样性在逐步地减少。就这样，不知不觉地伴随着我们的一生。
人们大致把它分为三个阵营，分别是有益菌、有害菌和中性菌。有益菌就是对人体有帮助的菌群，主要代表有双歧杆菌、乳酸杆菌，在目前市面上也非常常见，是人们补充益生菌的首选。有害菌则是对人体会造成伤害的菌群，主要代表有沙门氏菌、致病大肠杆菌等，它们是健康的破坏者。平时在体内被有益菌压制着，维持着动态的平衡，岁月静好，但是一旦这种平衡被打破了，有害菌就会大量生长，产生很多*素及其他有害物质，跟随血液到达身体的各个器官，从而引发多种疾病。而中性菌呢，它又叫条件致病菌，是一个“墙头草”，有益菌强的时候，就帮有益菌，有害菌强的时候就帮有害菌。
肠道菌群按一定的比例分布，各种菌群间互相制约、相安无事，各司其职，人们将这种平衡称为肠道菌群平衡。一旦平衡被打破，就会极易引发人体多种症状，这种情况被称为肠道菌群失调。常见因素包括但不限于饮食、生活习惯、抗生素、年龄、疾病等。目前已证实，菌群失调90%的疾病是由于肠道菌群失调引起的，如腹泻便秘等消化系统疾病、糖尿病等代谢综合征、自闭症等精神系统疾病、哮喘湿疹等免疫系统疾病。
正是因为肠道菌群对人体具有极其重要的作用，而现代人又因为各类原因致使的肠道菌群失调情况十分普遍，才更加需要大家去